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Como atualizar o item da matriz aninhada na matriz


No MongoDB 4.0 você pode usar o $[<identifier>] sintaxe e adicione ArrayFilters para UpdateOptions parâmetro:
var filter = Builders<Model>.Filter.Empty;
var update = Builders<Model>.Update.Set("Options.$[option].Inventory.$[inventory].Name", "New name");

var arrayFilters = new List<ArrayFilterDefinition>();
ArrayFilterDefinition<BsonDocument> optionsFilter = new BsonDocument("option.Id", new BsonDocument("$eq", optionId));
ArrayFilterDefinition<BsonDocument> inventoryFilter = new BsonDocument("inventory.Id", new BsonDocument("$eq", inventoryId));
arrayFilters.Add(optionsFilter);
arrayFilters.Add(inventoryFilter);

var updateOptions = new UpdateOptions { ArrayFilters = arrayFilters };

var result = DefaultCollection.UpdateOne(filter, update, updateOptions);

Isso identificará exclusivamente Inventory item que precisa ser atualizado dentro de Options