Você já pensou em armazenar os comentários em todos os documentos que precisam de uma referência a eles? Se você tiver um documento para o usuário, armazene todos os comentários desse usuário nele. Se você tiver um documento separado para objetos, armazene todos os comentários lá também. Parece meio errado depois de vir de um mundo relacional onde você tenta ter exatamente uma cópia de um determinado dado e depois referenciá-lo por ID, mas mesmo com bancos de dados relacionais você precisa começar a duplicar dados se quiser que as consultas sejam executadas rapidamente.

Com este design, cada documento que você carrega estaria "completo". Ele teria todos os dados de que você precisa e os índices dessa coleção manteriam as leituras rápidas. O preço seria gravações um pouco mais lentas e mais dor de cabeça quando você precisa atualizar o texto do comentário, pois precisa atualizar mais de um documento.