Algumas dicas :

1. 
   Não indexe sua coleção antes de inserir , pois as inserções modificam o índice que é uma sobrecarga. Insira tudo e crie index .
   
2. 
   em vez de "salvar" , use mongoDB "batchinsert" que pode inserir muitos registros em 1 operação. Portanto, tenha cerca de 5.000 documentos inseridos por lote. Você verá um ganho de desempenho notável.
   
   veja o método # 2 de inserir aqui, é preciso uma matriz de documentos para inserir em vez de um único documento. Veja também a discussão neste tópico
   
   E se você quiser comparar mais -
   
3. 
   Isso é apenas um palpite, tente usar uma coleção limitada de tamanho grande predefinido para armazenar todos os seus dados. A coleção limitada sem índice tem um desempenho de inserção muito bom.