Tenha em mente que o mongodb pode usar apenas um índice por consulta (ele não unirá índices para fazer uma consulta em dois campos que possuem índices separados mais rapidamente).

Dito isso, se você quiser tentar verificar a exclusividade, poderá fazer uma consulta no aplicativo antes de inserir (o que resolve apenas parcialmente o problema, porque há uma lacuna entre quando você consulta e quando insere).

Você pode querer votar neste problema do JIRA para índices filtrados, o que provavelmente ajudará seu caso de uso: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785