Você pode executar a consulta agregada no painel "ferramentas->comando" na sua página inicial do rockmongo. Você pode inserir a consulta no painel de entrada assim:
{
aggregate : "ns",
pipeline : [
...
]
}
Isso vai ficar bem! Eu tentei, e funciona!
Exemplo completo:
{ aggregate : "COLLECTION_NAME",
pipeline : [
{ $unwind : "$SUB_ARRAY" },
{ $match: {"SUB_ARRAY.field": "value"}},
]
}