Você está correto, quaisquer DBRefs são buscados ansiosamente, mas não são salvos ansiosamente (AFAIK). Se A tem uma referência a B, quando você salva A, Spring Data/MongoDB não salva B automaticamente, você precisa.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);
