Crie um campo virtual que represente um valor para as entradas que devem ser mostradas no topo da lista e classifique as entradas com base nesse campo. Você pode usar
$addFields
e $cond
operadores para realizá-lo. A implementação seria algo assim:
// ...
{
"$addFields": {
"isFeaturedSort": {
"$cond": {
"if": {
"$and": {
"publishDate": {
"$gte": ISODate("2019-03-14T00:00:00.000Z"),
},
"$eq": ["isFeatured", true],
},
},
"then": 1,
"else": 0,
},
},
},
},
{
"$sort": {
"isFeaturedSort": -1, // changed
"refreshes.refreshAt": -1,
"publishDate": -1,
"_id": -1,
},
},
// ...
Observe que
$addField só funciona no MongoDB 3.4 e além disso, o código de trechos pode conter erros. 
