O Mongo usa um algoritmo para determinar qual índice deve ser usado quando nenhuma dica é fornecida e, em seguida, armazena em cache o índice usado para a consulta semelhante para as próximas 1.000 chamadas

Mas sempre que você explicar uma consulta mongo, ele sempre executará o algoritmo de seleção de índice, portanto, o explain() com dica sempre levará menos tempo quando comparado com o explain() sem dica.

Pergunta semelhante foi respondida aquiCompreendendo mongo db explica