Sim, você pode usar maxTimeMS com agregação pymongo.
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
Se você quiser um cursor:
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
O comando agregado não suportava cursores antes do MongoDB 2.6, então ele teve que ser adicionado como uma opção para evitar a quebra de aplicativos existentes.
