Consultas c# mongo com strings json

É feio, mas você pode fazer isso desserializando a string em um BsonDocument e, em seguida, agrupando em um QueryDocument

BsonDocument query = MongoDB.Bson.Serialization.BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>("{ SendId: 4, 'Events.Code' : { $all : [2], $nin : [3] } }");
QueryDocument queryDoc = new QueryDocument(query);
var result = collection.FindAs<TypeOfResultExpected>(queryDoc); // or just use Find

Se for algo que você planeja fazer com frequência, você sempre pode envolvê-lo em um método ou criar um JSQueryDocument classe como a seguir:

public class JSQueryDocument : QueryDocument
{
    public JSQueryDocument(string query) : base(MongoDB.Bson.Serialization.BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>(query))
    {
        // Probably better to do this as a method rather than constructor as it
        // could be hard to debug queries that are not formatted correctly
    }
}

/// ...

var result = collection.Find(new JSQueryDocument("{ SendId: 4, 'Events.Code' : { $all : [2], $nin : [3] } }"));