Você pode usar o mesmo estilo de notação de ponto no
select
object com Mongoose como você faz em seu find
exemplo:var fields = { 'properties.OBJECTID': 1, 'properties.TIMESTAMP': 1 };
var query = Feature.find({id: 1}).select(fields);
Você também pode usar uma string de seleção de estilo Mongoose:
var query = Feature.find({id: 1})
.select('properties.OBJECTID properties.TIMESTAMP');