Se você precisar consultar seus usuários, mantenha os usuários em paz. Se você precisar consultar seus uploads, mantenha os uploads sozinhos.

Outra pergunta que você deve se fazer é:Toda vez que preciso desses dados, preciso dos objetos incorporados (e vice-versa)? Quantas vezes esses dados serão atualizados? Quantas vezes esses dados serão lidos?

Pense em um pedido de amizade: Cada vez que você precisar da solicitação, precisará do usuário que fez a solicitação e, em seguida, incorpore a solicitação no documento do usuário.

Você também poderá criar um índice no objeto incorporado, e sua pesquisa será mono-consulta/rápida/consistente.

Apenas um link para minha resposta anterior sobre uma pergunta semelhante: Relações do Mongo DB entre objetos

Acho que esta postagem será adequada para você http://www.mongodb.org/ display/DOCS/Schema+Design

Casos de uso

Cliente / Pedido / Item de linha do pedido

Sistema de blogs.

Noções básicas de design de esquema

Kyle Banker, 10 geração

Indexação e otimização de consultasAlvin Richards, diretor sênior de engenharia corporativa

**Esses 2 vídeos são os melhores no mongoddb já vistos imho*