Parece que meu comentário foi um pouco mal interpretado, então vou esclarecer. Não importa quando você o chama desde que seja chamado em algum momento antes de você chamar find() pela primeira vez. Em outras palavras, não importa quando você cria o índice, desde que ele esteja lá antes de você esperar usá-lo.

Um padrão comum que tenho visto muito é codificar o ensureIndex ao mesmo tempo (e no mesmo lugar) que o find() ligar. ensureIndex irá verificar se o índice existe e criá-lo se não existir. Há, sem dúvida, alguma sobrecarga (embora muito pequena) na chamada de sureindex antes de chamar find(), então é preferível não fazer isso.

Eu chamo ensureIndex no código para simplificar as implantações e evitar ter que gerenciar o banco de dados e a base de código separadamente. A compensação de facilidade de implantação equilibra a redundância de chamadas subsequentes para garantirIndex (para mim).