Este é o comportamento padrão do MongoDB para atualizações. Se você quiser atualizar vários documentos de uma só vez, precisará fornecer explicitamente o multi bandeira:
db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )
então você teria que usar
db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
{"$set":{status:0}},
false,
true);
em vez de.
Da documentação :
