Em termos de desempenho, a diferença será pequena na melhor das hipóteses. Devido ao fato de que seus endereços de e-mail são únicos, qualquer índice composto que tenha um campo de e-mail nunca será mais útil do que um índice apenas de endereço de e-mail. A razão para isso é que seu campo de e-mail já possui cardinalidade máxima para sua coleção e quaisquer outros campos de índice não ajudarão o banco de dados a filtrar registros mais rapidamente, pois sempre chegará nos documentos corretos apenas com o campo de e-mail.

Em termos de uso de memória (o que é muito importante para bancos de dados como o MongoDB), o índice de e-mail sozinho também é muito menor.

TL;DR :Use o índice apenas no endereço de e-mail.