Não há não problemas, você pode ver que o índice está lá. Você está esperando que ele não permita elementos duplicados? Para isso, você deve definir o sinalizador exclusivo como verdadeiro:
db.users.ensureIndex({ name : 1},{unique: true});
ATUALIZAÇÃO:executando garantir mais uma vez com
{unique: true} não funciona, você tem que soltar e ensureIndex novamente:db.users.dropIndex({name:1})
db.users.ensureIndex({ name : 1}, {unique:true, dropDups : true});
