É uma pergunta antiga, mas você pode usar
query.replace(/[-[\]{}()*+?.,\\/^$|#\s]/g, "\\$&"); Isso está funcionando com
aggregate e matches : const order = user_input.replace(/[-[\]{}()*+?.,\\/^$|#\s]/g, "\\$&");
const regex = new RegExp(order, 'i');
const query = await this.databaseModel.aggregate([
{
$match: {
name : regex
}
// ....
