Eu tenho o mesmo problema. meu problema era mudar um array dentro do db, então quando eu tento usar .save(), ele não entendeu que eu mudei alguma coisa, então o .save() não funcionou.Eu apenas uso markModified() antes use .save() e meu problema será resolvido.
este é o meu código com problema:(não está funcionando)
club.members[index].name = new_name;
club.save();
este é o meu código resolvido:(funcionando)
club.members[index].name = new_name;
club.markModified('members');
club.save();
desfrutar!