MongoDB - Filtrando o conteúdo de um Array interno em um conjunto de resultados

Você pode usar a estrutura de agregação do MongoDB .

Se você tiver um documento em sua coleção como;

{
 "URL": "www.stackoverflow.com",
 "TAGS": [
         {"NAME": "question", "VOTES": 3},
         {"NAME": "answer", "VOTES": 5},
         {"NAME": "problem", "VOTES": 2}
         ]
}

e você deseja filtrar alguns elementos da matriz, você pode usar a amostra de agregação;

db.sof_table.aggregate
([
{$unwind:'$TAGS'}, 
{$match:{'TAGS.NAME':{$in:['answer','question']}}},
{$group:{_id:'$URL',TAGS:{$push:'$TAGS'}}}
])

Isso resultará;

{
    "result" : [
        {
            "_id" : "www.stackoverflow.com",
            "TAGS" : [
                {
                    "NAME" : "question",
                    "VOTES" : 3
                },
                {
                    "NAME" : "answer",
                    "VOTES" : 5
                }
            ]
        }
    ],
    "ok" : 1
}

como seu resultado esperado.