Teste a string vazia no mongodb e pymongo

db.collection.find({"lastname" : {"$exists" : true, "$ne" : ""}})

No shell do mongo (o ID é omitido para economizar espaço)

> db.collection.find()
  { "name" : "Angela" }
  { "name" : "David", "lastname" : "" }
  { "name" : "Kyle",  "lastname" : "Test" }
  { "name" : "John",  "lastname" : null }

> db.collection.find({"lastname" : {"$exists" : true, "$ne" : ""}})
  { "name" : "Kyle", "lastname" : "Test" }
  { "name" : "John",  "lastname" : null }

Caso você também queira filtrar correspondências contra valores nulos, você precisa ajustar os critérios da seguinte maneira (também podemos nos livrar de $exists como "$ne":null cuida disso)

> db.collection.find({$and:[{"lastname": {"$ne": null}}, {"lastname": {"$ne": ""}}]})
  { "name" : "Kyle", "lastname" : "Test" }