Está tudo explicado no site.

A versão de código aberto não possui limitações artificiais em nenhum dos aspectos que você mencionou. As vantagens da versão empresarial são:

• Serviço de gerenciamento MongoDB (solução de backup e monitoramento)
• Monitoramento SNMP
• Kerberos ou LDAP como alternativa à autenticação baseada em senha ou certificado
• Licença de desenvolvimento comercial (as alterações feitas no próprio MongoDB não estão sujeitas aos termos da AGPL). Observe que em uma configuração normal você faz com que seus clientes se comuniquem com seu servidor de aplicativos e seu servidor de aplicativos se comunique com o MongoDB. Nessa configuração, o AGPL não exige que você publique nenhum código-fonte porque os usuários finais não interagem com o MongoDB diretamente em uma rede. Só importa quando você expõe o MongoDB diretamente aos seus clientes. E mesmo assim, a conformidade com a AGPL só é problemática quando você faz alterações no MongoDB próprio .
• MongoDB BI-Connector que adiciona um limitado (muito limitada) camada de compatibilidade SQL para MongoDB para integração com soluções de Business Intelligence baseadas em SQL.
• MongoDB bússola - uma ferramenta GUI para visualizar estruturas de dados (mas existem alternativas gratuitas para isso) . A partir de abril de 2020, a versão completa do Compass agora é gratuita para todos.
• Mecanismo de armazenamento na memória (a partir da versão 3.2 ainda em fase beta e ainda não recomendado para uso em produção!)
• Contrato de suporte e treinamento
• Mecanismo de armazenamento criptografado para (opcionalmente) proteger dados em repouso
• Certificação para alguns sistemas operacionais (considerando que a edição gratuita é idêntica, exceto pelos recursos adicionais listados acima, pagar apenas por isso é bastante inútil. Mas talvez você trabalhe em um lugar com muitos MBAs que se preocupam com essas formalidades)

Quando você pode prescindir de todas essas coisas, não precisa pagar pela versão corporativa.