O MongoDB 3.2 (lançado em novembro de 2015) oferece um mecanismo de armazenamento criptografado. Não há necessidade de usar APIs de terceiros para criptografar seus dados antes da inserção ou criptografar toda a unidade. Você pode encontrar mais detalhes aqui. No entanto, observe que ele é oferecido apenas para a edição Enterprise.

Ele funciona com o mecanismo de armazenamento WiredTiger, que foi incluído como uma alternativa ao mecanismo de armazenamento MMAPv1 padrão desde a versão 3.0. Se seu banco de dados ainda estiver usando MMAPv1, leia este guia para obter as etapas para converter um banco de dados de MMAPv1 para WiredTiger.

Como Fernando Paz observou nos comentários, o armazenamento criptografado está disponível apenas na edição MongoDB Enterprise.