Embora a resposta mencionada por @prasad_ pareça funcionar, $ unwind tem desde o Mongodb 3.2 a opção includeArrayIndex que facilita a obtenção:
db.collection.aggregate([
{
$group: {
_id: null,
data: {
$push: "$$ROOT"
}
}
},
{
$unwind: {
path: "$data",
includeArrayIndex: "counter",
}
},
{
$replaceRoot: {
newRoot: {
$mergeObjects: [
"$data",
{
counter: {
$add: [
"$counter",
1
]
}
}
]
}
}
}
])
O último estágio está aqui apenas para reformular seus documentos e adicionar 1 a cada contador, pois é baseado em 0 (com base no índice do array)
Você pode testá-lo aqui.