Na maioria dos casos, você provavelmente não deseja criar várias coleções, mas usar uma coleção e enviar exibições dela aos clientes, dependendo de sua assinatura.

Você pode querer verificar o pacote https://github.com/mizzao/meteor-partitioner que eu construí, projetado especialmente para essa finalidade, e inclui um exemplo de como fazer isso para várias salas de bate-papo. Você também pode ver https://github.com/mizzao/CrowdMapper para um exemplo implementado.