Eu acho que você pode executar o MongoDb sem aplicar o Hotfix, mas eu não o recomendaria. Em muito tempo você pode ter problemas. Eles incluíram algumas correções no MongoDB para contornar o problema.
Uma descrição detalhada do problema pode ser encontrada aqui e aqui.
Veja também isto.
No Windows, as liberações de Arquivos Mapeados em Memória são operações síncronas. Quando o Gerenciador de Memória Virtual do SO é solicitado a liberar um arquivo mapeado na memória, ele faz uma solicitação de gravação síncrona ao gerenciador de cache de arquivo no SO. Isso causa grandes travamentos de E/S em sistemas Windows com alta latência de E/S de disco, enquanto no Linux as mesmas gravações são assíncronas.
O problema se torna crítico em unidades de disco de alta latência, como o armazenamento persistente do Azure (10ms). Esse comportamento resulta em tempos de liberação de bg muito longos, limitando o IOPS do disco em 100. Em armazenamento de baixa latência (armazenamento local e AWS), o problema não é tão visível.
No Windows 7 e no Windows Server 2008 R2, ao aplicar o hotfix, você obtém um melhor desempenho de alocação de arquivos, o que é relevante para o MongoDB
