Você não instalou o driver MongoDB PHP, veja este link http://www.php.net/manual/en/mongo.installation.php
Atualizar fontes
sudo apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv 7F0CEB10
echo 'deb http://downloads-distro.mongodb.org/repo/ubuntu-upstart dist 10gen' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/mongodb.list
sudo apt-get update
Instale o driver PHP MongoDB
sudo apt-get install php5-dev php5-cli php-pear -y
sudo pecl install mongo
Abra seu arquivo php.ini e adicione a ele:
extension=mongo.so
Reinicie o apache
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Outras informações de ajuda:
isso deve ajudar a encontrar seu arquivo php.ini:
php -i | grep 'Configuration File'
No Ubuntu mostra isso:
Configuration File (php.ini) Path => /etc/php5/cli
Loaded Configuration File => /etc/php5/cli/php.ini
observe que você executa este comando a partir do cli (linha de comando), então para o seu verdadeiro php.ini vá para a pasta apache2 em vez de cli :)