$nin é um operador de consulta e não um operador de agregação e também $expr suporta apenas a aggregation operadores não a query uns. Então, você provavelmente deveria usar $not $in com o $expr expressão dessa maneira {
"$match": {
"$and": [
{
"$or": [
{
"Multi_User": {
"$exists": False
}
},
{
"$expr": {
"$not": { "$in": ["$CreatedBy", "$Multi_User"] }
}
}
]
}
]
}
}