O Mongoose pluraliza o nome do modelo, pois considera essa boa prática para uma "coleção" de coisas como um nome pluralizado. Isso significa que o que você está procurando atualmente no código é uma coleção chamada "usuários" e não "usuário" como você poderia esperar.
Você pode substituir esse comportamento padrão especificando o nome específico para a coleção desejada na definição do modelo:
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
O terceiro argumento é o nome da coleção a ser usada e não o que será determinado com base no nome do modelo.
