Há um problema conhecido com PHP/mongoclient + Apache + MongoDB em que conexões persistentes inválidas são mantidas abertas pelo processo Apache.

Tente reiniciar seu servidor web Apache.

O que acontece é:

• O Apache abre uma conexão com seu servidor MongoDB durante uma solicitação normal.
• Presumivelmente, em algum momento você reiniciou seu servidor MongoDB
• O Apache/PHP nunca reconhece que a conexão foi fechada durante a reinicialização do MongoDB e mantém as conexões persistentes abertas anteriormente

A única maneira de superar esse problema é reiniciar o Apache (forçando-o a matar todos os threads de trabalho e criar novas conexões).

Deixe-me saber se isso funciona para você.