Eu sei que isso é antigo, mas ainda aparece quando você procura a comparação. Estávamos usando o Mongo, mudamos quase inteiramente para o Dynamo, que é nossa primeira escolha agora. Não porque tem mais recursos, não tem. O Mongo tem uma linguagem de consulta melhor, você pode indexar dentro de uma estrutura, há muitas pequenas coisas. A superioridade do Dynamo está no que o OP afirmou em seu comentário:é fácil. Você não precisa cuidar de nenhum servidor. Quando você começa a configurar uma solução fragmentada do Mongo, fica complicado. Você pode ir a uma das empresas de hospedagem, mas isso também não é barato. Com o Dynamo, se você precisar de mais taxa de transferência, basta clicar em um botão. Você pode escrever scripts para dimensionar automaticamente. Quando é hora de atualizar o Dynamo, está feito para você. Isso tudo é muito estresse precioso e tempo não gasto. Se você não tem pessoas dedicadas a operações, o Dynamo é excelente.
Então, agora estamos indo no Dynamo por padrão. Mongo talvez, se a estrutura de dados for complicada o suficiente para justificar isso, mas provavelmente voltaríamos a um banco de dados SQL. O Dynamo é obtuso, você realmente precisa pensar em como vai construí-lo e provavelmente usará o Redis no Elasticcache para fazê-lo funcionar para coisas complexas. Mas com certeza é bom não ter que cuidar disso. Você codifica. É isso.