Atualização:
A partir da v4.4 existe um operador dedicado $first:
{ $project: {
user: { $first: "$users" },
otherField: 1
}},
É um açúcar de sintaxe para o
Resposta original:
Você pode usar arrayElemAt:
{ $project: {
user: { $arrayElemAt: [ "$users", 0 ] },
otherField: 1
}},