Não há método para descartar uma coleção do mangusto, o melhor que você pode fazer é remover o conteúdo de um:
Model.remove({}, function(err) {
console.log('collection removed')
});
Mas existe uma maneira de acessar o driver javascript nativo do mongodb, que pode ser usado para isso
mongoose.connection.collections['collectionName'].drop( function(err) {
console.log('collection dropped');
});
Aviso
Faça um backup antes de tentar isso, caso algo dê errado!
