Nas versões anteriores, você precisaria baixar o driver nativo do node-mongodb. Cada modelo possui um objeto de coleção que contém todos os métodos que o node-mongodb-native oferece. Então você pode fazer a ação em questão por isso:
User.collection.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }});
Desde a versão 2.0 você pode fazer:
User.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }}, callback);
E desde a versão 2.4, se você já tem uma instância de um modelo, você pode fazer:
doc.field = undefined;
doc.save(callback);
