A consulta que você quer é esta:
db.collection.find({"users":{"$not":{"$elemMatch":{"user":{$nin:[1,5,7]}}}}})
Isso diz encontrar-me todos os documentos que não possuem elementos que estão fora da lista 1,5,7.
db.collection.find({"users":{"$not":{"$elemMatch":{"user":{$nin:[1,5,7]}}}}})
