O MongoDB não suporta chaves com um ponto, então você terá que pré-processar seu arquivo JSON para removê-lo/substituí-lo antes de importá-lo ou você estará se preparando para todos os tipos de problemas.

Não há uma solução padrão para esse problema, a melhor abordagem depende muito das especificidades da situação. Mas eu evitaria qualquer abordagem de codificador/decodificador de chave, se possível, pois você continuará pagando a inconveniência disso perpetuamente, onde uma reestruturação JSON presumivelmente seria um custo único.