Uma maneira simples de obter uma coleção de todos os TreeNodes selecionados seria:
private List<TreeNode> AllCheckedNodes = new List<TreeNode>();
private void GetAllCheckedNodes()
{
for (int i = 0; i < TreeView1.CheckedNodes.Count; i++)
{
AllCheckedNodes.Add(TreeView1.CheckedNodes[i]);
}
}