As variáveis de ligação em você
UPDATE declaração deve ser prefixada por dois pontos, não o @ símbolo cmd.CommandText = "update tablenodes set nodeName=:NodeName, centerX = :NodeCenterX," & _
"centerY= :NodeCenterY , radius= :NodeRadius where nodeNo= :nodeNum and fileno= :FileNum"
E não haveria prefixo no que você está definindo os parâmetros
cmd.Parameters.Add("NodeNum", OracleDbType.Int32).Value = nd.pID
cmd.Parameters.Add("NodeName", OracleDbType.Varchar2).Value = nd.pName
cmd.Parameters.Add("NodeCenterX", OracleDbType.Int32).Value = nd.pCenter.X
cmd.Parameters.Add("NodeCenterY", OracleDbType.Int32).Value = nd.pCenter.Y
cmd.Parameters.Add("NodeRadius", OracleDbType.Double).Value = nd.pRadius
cmd.Parameters.Add("FileNum", OracleDbType.Int32).Value = FN
