Parece que a configuração OGC_STRICT=false fez o truque. Isso diz ao Hibernate para usar as próprias funções espaciais do Oracle são usadas diretamente, em vez de usar funções compatíveis com Open Geospatial, como podemos ler no Configuração de conformidade com OGC documentação.

Na verdade, já havíamos configurado no org.hibernatespatial.oracle.OracleSpatial10gDialect.properties mas porque após a atualização ele deve ter o nome de org.hibernate.spatial.dialect.oracle.OracleSpatial10gDialect.properties , não funcionaria para nós.