Oracle UpdateXML() altera a estrutura XML?

Acho que você pode evitar o problema substituindo o texto vazio por um valor temporário, atualizando todos os outros textos e substituindo o valor temporário por um valor nulo.

Eu não entendo o XPath, provavelmente há uma maneira muito melhor de fazer isso, mas isso parece funcionar:

SELECT
    --#3: Replace the temporary value with null, this keeps the start and end tag
    UpdateXML(
        --#2: Replace everything but the temporary value
        UpdateXML(
            --#1: Replace empty text with a temporary value
            UpdateXML(xmlData, '/TEST/VALUE[not(text())]', '<VALUE>TEMPORARY VALUE</VALUE>')
        ,'/TEST/VALUE[text()!="TEMPORARY VALUE"]/text()', 'hello')
    ,'/TEST/VALUE[text()="TEMPORARY VALUE"]/text()', null) examle
FROM (SELECT XMLType('<TEST><VALUE>hi</VALUE><VALUE>hola</VALUE><VALUE></VALUE></TEST>') as xmlData FROM DUAL);