Atualização:
Você terá que implementar seu próprio IUserType para lidar com os Guids sem traço.
Você pode ler sobre isso aqui:
http://dotnet.dzone.com/articles/understanding-nhibernate-type
O detalhe abaixo agora é irrelevante para a pergunta, mas vou mantê-lo aqui para referência futura para as pessoas encontrarem.
Usando guias "normalmente"
Na sua entidade o Id deve ser do tipo Guid:
public virtual Guid Id { get; private set; }
E no seu ClassMap você deve mapear assim:
Id(x => x.Id)
.Column("Id")
.GeneratedBy.GuidComb();
Isso usará o algoritmo de pente recomendado para gerar novos guias.
ou
Id(x => x.Id)
.Column("Id")
.GeneratedBy.Guid();
para gerar novos Guids usando
System.Guid
ou
Id(x => x.Id)
.Column("Id")
.GeneratedBy.GuidNative();
se você quiser deixar o banco de dados gerar o Guid para você.