Eu não posso comentar ainda, então estou colocando isso como uma resposta.
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Acredito que criar o arquivo .java.policy em seu applet será tarde demais - o plugin já terá iniciado e lido os arquivos de política antes de executar qualquer código.
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Você pode assinar seu applet e usar um arquivo jnlp para atribuir permissões no elemento de segurança
