Ele estava pegando uma cópia antiga do tnsnames.ora_OLD que eu tinha na mesma pasta. De acordo com:

http://forums.oracle.com/forums/thread.jspa?threadID =1017751

"Existe um recurso de longa data com a funcionalidade Nomes TNS do SQL Developer em que o SQL Developer encontrará todos os arquivos tnsnames.ora* correspondentes no diretório TNS Admin e listará o conteúdo de todos eles. Por exemplo, todos os aliases TNS definidos em TNSNAMES.ORA, TNSNAMES.ORA~ e TNSNAMES.ORA.201001210957 serão incluídos na lista Network Alias."

A exclusão desse arquivo antigo removeu as entradas extras.