hum, tente com
$this->db->query("CALL update_letter_body(".$body_letter.",".$insert_id.")");
call_function permite chamar funções de banco de dados PHP que não estão nativamente incluídas no CodeIgniter, não para chamar procedimentos que você escreveu. verifique a documentação
https://www.codeigniter.com/user_guide/database/call_function.html
