como consultar a tabela de junção usando o hibernate?

O que você quer fazer é criar uma consulta digitada. Com o mapeamento adequado, você também pode obter objetos relacionados - não é necessário consultar tabelas de junção como ORM vai fazer isso por você:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

E com o mapeamento de relação adequado, você pode obter relações como esta:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

Quanto a "como fazer" - o tópico é muito amplo para cobri-lo em uma única resposta, etc., mas você deve poder começar daqui - http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/