Oracle não suporta uma construção como drop table if exists my_table , que aparentemente é uma sintaxe legal no MySQL (e possivelmente em outros RDBMSs).

Em um .SQL script, onde você está executando DDL para DROP e/ou CREATE vários objetos, o padrão Oracle é descartar o objeto e ignorar o erro nos casos em que o objeto não existe. Se desejar, você pode escrever código para verificar se o objeto existe (veja DBA_OBJECTS view) para cair apenas se existir.

do s.executeUpdate , deduzo que você está fazendo isso em Java? Se fosse eu, eu apenas faria o drop e ignoraria qualquer erro não existe.

Espero que ajude.