Eu tive problemas como esse antes quando o banco de dados está em uma caixa separada e há um firewall entre o qual está definido para conexões ociosas de tempo limite.

Em algumas circunstâncias, o firewall corta a conexão de forma que o terminal JDBC não detecte, e tentar usá-lo resulta em um bloqueio indefinido.

No meu caso, era um pool de conexão personalizado que enviava uma consulta de teste pela conexão antes de devolvê-lo do pool. Configurei esta consulta de teste para ter um tempo limite (usando Statement.setQueryTimeout) para que não bloqueasse indefinidamente.