Eu acho que o problema vem do fato de que o gerador de sequência não é realmente um gerador de sequência, mas um gerador de hilo de sequência, com um tamanho de alocação padrão de 50. conforme indicado pela documentação:http://docs.jboss.org/ hibernate/stable/annotations/reference/en/html_single/#entity-mapping-identifier

Isso significa que se o valor da sequência for 5.000, o próximo valor gerado será 5.000 * 50 =250.000. Adicione o valor de cache da sequência à equação e isso pode explicar sua enorme lacuna inicial.

Verifique o valor da sequência. Deve ser menor que o último identificador gerado. Tenha cuidado para não reinicializar a sequência para este último valor gerado + 1, pois os valores gerados cresceriam exponencialmente (já tivemos esse problema e tivemos ids inteiros negativos devido ao estouro)