Isso não é possível diretamente, porque cronologicamente, ONDE acontece antes SELECT, que sempre é a última etapa da cadeia de execução.
Você pode fazer uma sub-seleção e filtrá-la:
SELECT * FROM
(
SELECT A.identifier
, A.name
, TO_NUMBER(DECODE( A.month_no
, 1, 200803
, 2, 200804
, 3, 200805
, 4, 200806
, 5, 200807
, 6, 200808
, 7, 200809
, 8, 200810
, 9, 200811
, 10, 200812
, 11, 200701
, 12, 200702
, NULL)) as MONTH_NO
, TO_NUMBER(TO_CHAR(B.last_update_date, 'YYYYMM')) as UPD_DATE
FROM table_a A
, table_b B
WHERE A.identifier = B.identifier
) AS inner_table
WHERE
MONTH_NO > UPD_DATE
Uma informação interessante mudou dos comentários:
Não deve haver nenhum impacto no desempenho. A Oracle não precisa materializar consultas internas antes de aplicar condições externas -- a Oracle considerará a transformação dessa consulta internamente e enviará o predicado para a consulta interna e fará isso se for econômico. – Justin Cave