Sim, há uma ordem específica. Se você instalar o SQL2012 primeiro, não poderá abrir arquivos .sql no explorador de objetos do VS2012 (estive lá, fiz isso). Este é um bug que foi corrigido com um "SQL Server Data Tools - atualização de dezembro de 2012" especial. O triste é que essa atualização não aparece nas atualizações regulares do Windows (no meu Windows 8), nem em nenhuma atualização do SQL detectada antes ou depois da instalação do SP1.

Portanto, a ordem correta é:VS2012 primeiro e depois SQL2012. Especialmente ao aplicar service packs.

Fonte:

http://blog.wharton.com.au/category/ sql-server-data-tools/

Se você instalou o SQL2012 primeiro e, em seguida, o VS2012, precisará da atualização de novembro de 2012 para corrigir seus arquivos .sql:

http://msdn.microsoft.com/en-us/jj650015

Um pouco mais de fundo... Uso o Visual Studio desde 2002. Sempre instalei minha própria edição do SQL Server 20XX antes de instalar o Visual Studio 2003, 2005, 2008, 2010 e, mais recentemente, 2012. Isso porque nunca usou o SQL Server Express que veio com o Visual Studio. Meus arquivos de dados eram muito grandes para os limites de 2 GB impostos pelas edições anteriores do SQL Server Express. Ao instalar o SQL Server primeiro, isso me permitiu usar o nome da instância raiz na máquina, em vez de o SQL Express assumir o controle na última década.

Nunca tive problemas com esse pedido, até VS2012 e SQL2012. Conforme observado no artigo do blog acima, instale o VS2012 primeiro antes do SQL Server.