Isso vai fazer o trabalho
sqlcmd -S server -U loginid -P password -d DBname -Q "select * from tablename" -o output.csv
EDITAR:
Use
-i
opções se você deseja executar um script SQL como -i sql_script_filename.sql
sqlcmd -S server -U loginid -P password -d DBname -Q "select * from tablename" -o output.csv
-i
opções se você deseja executar um script SQL como -i sql_script_filename.sql